A finales del siglo XVII, en tiempos del Obispo dominico Fray Alonso de Santo Tomás, un vecino de la ciudad llamado Juan Valverde construyó a su costa una capilla callejera en las inmediaciones del puente, en la cual se habría de dar culto a la imagen de un Crucificado bajo la advocación del Perdón. La intención con la que se fundó la capilla era la de dar luz al ámbito de la calle Marqués y evitar así los "pecados y abominaciones" que se daban en aquel lugar.
La devoción a la Virgen de los Dolores la introdujo un feligrés de San Juan llamado Martín Federico, quien fundó un rosario nocturno en 1747 popularmente conocido como Hermandad de los Tiñosos, ya que parece ser que aquel se dedicaba a sanar dicha enfermedad. Al no tener otro lugar para ello solicitó permiso para depositar la imagen de la Virgen y los enseres en la capilla de Cristo del Perdón. Al poco tiempo surgieron desavenencias entre ambas instituciones, disolviéndose el Rosario y quedando la imagen de la Virgen en dicha capilla.
Con posterioridad a estos hechos se ignora la suerte que correría la imagen de Cristo del Perdón ya que no ha sido posible encontrar noticias que se refieran a ella, pues sólo la imagen de la Virgen continuó recibiendo culto ininterrumpido.
En 1927, los atirantados de la zona de la actual plaza de Arriola obligaron a demoler la antigua capilla y por tal razón la imagen de la Virgen fue trasladada al otro lado del río, concretamente a la fachada este de la iglesia de Santo Domingo, donde la Archicofradía de la Esperanza le labró una pequeña capilla que ha subsistido hasta 1992, año en el que se procede a su demolición para construir la que actualmente ocupa.
La etapa actual de la Cofradía parte de su reorganización en 1982, previamente a ella, a finales de la década de los setenta comenzó a rendírsele a la imagen un culto algo más brillante que el que se le tributaba anualmente con motivo de su septenario; ya en ese año, y a instancias del entonces Párroco de Santo Domingo D. Antonio Ramírez Mesa (q. e. p. d.), se constituyó una Comisión Reorganizadora de la que fue Cofradía del Santísimo Cristo del Perdón y Ntra. Sra. de los Dolores.
Entre 1983 y 1986 la Cofradía siguió realizando su procesión el Viernes de Dolores por las calles de la feligresía. En la Cuaresma de 1987, siendo ya miembro de la Agrupación de Cofradías, se bendijo la imagen del Stmo. Cristo del Perdón y en esa Semana Santa hizo su primera salida Procesionalen la noche del Lunes Santo. Al año siguiente realizó su primera Estación de Penitencia en la Santa Iglesia Catedral. No obstante no sería hasta 1992, tras un largo proceso de restauración realizado por los propios hermanos, cuando se instalará en la Capilla actualmente ostenta.
En el año 1997, la Cofradía celebró el 250º Aniversario de la devoción a la Virgen de los Dolores, acontecimiento en el que se ofreció la Corona a la imagen, labrada gracias a las donaciones de sus fieles y devotos, y que se usaría posteriormente posteriormente en su Coronación Canónica.
Al fin, el 31 de Otubre de 2004 en el crucero de la Santa Catedral Basílica, justo delante de la Puerta del Sol, bajo palio y sobre su trono de procesión, la Virgen de los Dolores del Puente fue Coronada Canónicamente por el Obispo de nuestra Diócesis Mons. Antonio Dorado Soto, quedando esta fecha perpetua para esta Cofradía.
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Historia